El Secretario Ejecutivo es el administrador general de la organización. A él le incumbe la responsabilidad administrativa de derecho público y es el coordinador que implementa la política y la estrategia, con el apoyo de los órganos consultativos (Reunión Inter Entidades y Comité de Seguimiento) y el conjunto de las entidades miembros de la red, establecidos por todo el mundo.

El Secretario Ejecutivo coordina e impulsa las actividades respetando la carta y el proyecto político común. Vela por la coherencia y la complementariedad de los programas desarrollados por las entidades de la red conforme a la política general y los objetivos de Enda, implementando el conjunto de actividades necesarias a la coordinación de las actividades de la Organización y a su posicionamiento al nivel internacional. El Secretario Ejecutivo elabora mecanismos internos de concertación, y sugiere para éstos una estructuración y composición de sus miembros con arreglo a la situación.

El Secretario ejecutivo está apoyado en el ejercicio de sus funciones por un conjunto de departamentos agrupados en el Secretariado Ejecutivo que consta de : 1) una Coordinación administrativa y financiera ; 2) un departamento de gestión de recursos humanos ; 3) un centro de recursos multimedia y documentarios ; 4) un polo Seguimiento-evaluación, Capitalización y Comunicación ; 5) un pole Desarrollo de nuevas colaboraciones y movilización de recursos financieros ; 6) un polo Plataforma estratégica común y Prospectiva.