L’Assemblée générale se réunit au moins une fois tous les trois ans et prend connaissance des avis écrits des membres qui ne pourraient être présents. Les entités, les membres associés ou pairs participent à l'Assemblée générale, conformément au quota de 33 % qui leur est accordé. Un deuxième quota de 33 % est réservé aux représentants de mouvements populaires ou acteurs communautaires.

L'Assemblée générale adopte et modifie les statuts à la majorité des 2/3 des votants, et le règlement intérieur à la majorité absolue. Elle élit, à la majorité simple, un Conseil d'Administration pour une durée de trois ans. La composition du Conseil d’administration doit refléter les sensibilités et diversités géographiques et culturelles, de genre, de génération et d’origine sociale et de la mission, et être en phase avec la mission principale d’Enda qui est d’œuvrer pour la cause des peuples des pays du Sud, notamment les groupes vulnérables.

L'Assemblée générale approuve le programme de travail d’Enda, statue sur toute autre question qui lui est soumise, par le Bureau exécutif du Conseil d’administration ou par le Secrétaire exécutif. Sur proposition des différentes composantes d’Enda, l’Assemblée générale désigne un Comité d’Honneur qui exerce un rôle consultatif, à titre gratuit. Les membres de ce Comité d’Honneur apportent tout appui moral utile à la réalisation des objectifs d’Enda. Les votes à l'Assemblée générale peuvent se faire par procuration donnée à un de ses membres, ou par correspondance.